Na verdade.. você terá uma limitação que é imposta pelo hibernate ...
O melhor é tratar isso não na query.. mas no código java..
O mestre você pode carregar considerando a exclusão lógica...
Os detalhes.. é melhor que você carregue todos.. e depois faça um loop para eliminar os excluidos..
Na hora de salvar.. você pode delegar o controle de exclusao e persistencia dos itens do detalhe para o dao original dele.. por exemplo voce tem a classe mestre X.. que tem detalhes List<Y>
Se no SaveOrUpdateManaged você fizer save.saveOrUpdateManaged("x.listaY", true); os registros Y serão persistidos no YDAO, assim voce pode controlar como isso será feito.. pode ser útil..
Outra forma é criar seu próprio QueryBuilder e SaveOrUpdateManaged... que extendem das classes do next adaptando a sua necessidade...
Mas já adianto que qualquer uma das soluções não é trivial...