A aplicacao apresenta erro ao executar? ou nao compila??
Os arquivos JAR tem que estar na pasta lib do tomcat.. verifique se os JARs ainda estão lá?
Os aquivos jar do [TOMCAT]/lib são:
annotations-api.jar
catalina-ant.jar
catalina-ha.jar
catalina-tribes.jar
catalina.jar
el-api.jar
jasper-el.jar
jasper-jdt.jar
jasper.jar
jsp-api.jar
servlet-api.jar
tomcat-coyote.jar
tomcat-dbcp.jar
tomcat-i18n-es.jar
tomcat-i18n-fr.jar
tomcat-i18n-ja.jar
No eclipse devem estar no classpath da aplicacao MAS nao podem estar dentro da aplicacao..
Adicione um external jar ao classpath (ou build path) da aplicacao no eclipse para o servlet-api.jar e jsp-api.jar se necessário