Olá Barberino, vejo que já está por dentro da arquitetura do next.
Bem, a tag n:messages não possui um arquivo de template. Você teria que alterar o conteúdo da própria tag sobrescrevendo o arquivo .class
A forma mais simples de fazer isso, é copiar o arquivo MessagesTag.java para sua aplicação colocando-o no mesmo pacote onde está no next (org.nextframework.view)
Assim, o servidor leria a sua classe e não a que está presente no JAR. Bastaria você fazer as alterações que julgar necessárias no arquivo da sua aplicação.
A próxima versão do next 3.5.3 irá vir com atualizações nessa tag, que permitirão a alteração da renderização por meio de javascript (praticamente será possível fazer o que quiser com as mensagens, mas a manipulação é por javascript)
Se não estiver com pressa, pode aguardar a próxima versão. Não demora muito mais a sair.. está demandando eu fazer uma pausa para realizar os testes.
Você pode também pegar o código da versão que está no SVN que já é a ultima. Se houver algum bug nessa versão é só dizer aqui que corrijo rapidamente. É possível que não tenha, pois existem aplicações que já estão usando a nova versão.
Até mais
Rógel