Olá fernando..
O registro de DAOs, Services e Controllers não seguem o padrão do Spring pois eles precisam de propriedades especiais. Por exemplo: Um FuncionarioService precisa de um GenericDAO, esse GenericDAO deve ser o FuncionarioDAO. O Spring não sabe desses detalhes, por isso o Next cuida do registro dessas classes, caso contrário para todo service você teria que dizer qual o DAO correto.
Por esse motivo, quando você usou essa configuração com component-scan o Spring quiz registrar essas classes e não conseguiu. Restringindo o component-scan como você fez, é possível configurar suas classes de Job corretamente. Porém, os componentes registrados em XML não podem ter injeção de dependencia com elementos anotados. Então seu Job não poderá ter um DAO injetado via setter. Se quiser um dao dentro do seu job, use o código Next.getObject(MeuDAO.class) isso te dará o DAO configurado na aplicação.
Na configuração atual, se não houver problemas durante o carregamento da aplicação não haverá problemas futuros.
Na próxima versão do Next (3.6.0) o sistema de configuração de beans será atualizado. E, isso que você quer fazer, será mais simples e mais flexível inclusive. Será só colocar as anotações e usar.